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8 résultats pour « Surveillance »
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Santé Humaine Résistance aux antimicrobiens

Virulence Factors and Biofilm Formation in Multidrug-Resistant Metallo-β-Lactamase-Producing Clinical Strains of Pseudomonas aeruginosa

Pseudomonas aeruginosa est une bactérie Gram-négative opportuniste, responsable d'infections nosocomiales, dotée d'un arsenal pathogène complexe. L'objectif de cette étude était de caractériser simultanément le potentiel de résistance, virulence et de formation de biofilms chez des souches cliniques. Au total, 104 souches cliniques de P. aeruginosa (sang (26), selles (26), pus (26) et urine (26) ont fait l'objet de cette étude. Le test de diffusion de Mueller-Hinton, le test d'agglutination et le test de diffusion sur disque combiné ont respectivement permis de déterminer phénotypiquement le profil de résistance, les sérogroupes et la production de métallo-β-lactamase. Les supports de virulence, de résistance et de formation de biofilm ont été détectés par PCR. Les souches de P. aeruginosa étaient résistantes à l'aztréonam (76,4 %), à la ticarcilline (62,4 %), à la pipéracilline (32,4 %), à l'imipénème (17,1 %), au céfépime (14 %) et à la ceftazidime (8,5 %). Ceftazidime (8,3 %). Les sérogroupes O11 (22,1 %), O7 (18,3 %), O16 (16,3 %), et O9 (14,4 %) ont été principalement déterminés dans les souches cliniques. La prévalence totale des gènes de métallo-β lactamase était de 12,5 % (blaIMP) et de 11,5 % (blaVIM). Par ordre décroissant, les gènes de virulence exoS (55,8 %), plcH (48,1 %), LasB (47,1%), pilB (42,3%) et algD (41,3%) ont été détectés (p < 0,05). Le biofilm médian biofilm médian formé en 48 heures varie de 0,4 à 3,3. Les souches cliniques hébergeaient les gènes de biofilm gènes de biofilm pelA (28,8%) et pslA (23,1%). En conclusion, cette étude met en évidence l'importance de la résistance, de la virulence et des capacités de formation de biofilms des souches cliniques de Pseudomonas aeruginosa. En établissant le profil de 104 souches, nous avons constaté des taux élevés de résistance à de multiples antibiotiques, avec des sérogroupes notables et une prévalence considérable de métallo-β, ce qui constitue un défi pour le traitement. En outre, les principaux gènes de virulence et les gènes associés au biofilm étaient prévalent, soulignant le potentiel pathogène de ces souches. Ces résultats soulignent l'importance de la caractérisation des facteurs de pathogénicité en tant que stratégie précieuse pour la surveillance et la gestion de la bactérie P. aeruginosa, en particulier dans les établissements de santé où ces infections sont fréquentes et difficiles à traiter.

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Dr oby wayoro
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Santé Animale Maladies animales transmissibles à l'homme

Lassa Virus in Multimammate Rats, Côte d’Ivoire, 2013

La fièvre de Lassa est une maladie zoonotique causée par le virus Lassa (LASV), dont le principal réservoir est le rat multimammé (Mastomys natalensis). Bien que la maladie soit principalement endémique en Guinée, au Liberia, en Sierra Leone et au Nigeria, peu de données étaient disponibles sur la circulation du virus en Côte d’Ivoire. Cette étude avait pour objectif de déterminer si le virus Lassa circulait chez les rongeurs sauvages dans différentes régions écologiques du pays. Entre août et octobre 2013, les chercheurs ont capturé 281 petits mammifères (254 rongeurs et 27 insectivores) dans quinze villages situés autour de Korhogo, Bouaké et du Parc national de Taï. Les espèces ont été identifiées par analyses morphologiques et génétiques, puis les tissus pulmonaires ont été analysés par RT-PCR en temps réel afin de détecter l’ARN du virus Lassa. Les résultats ont montré la présence du virus chez 4 des 18 spécimens de Mastomys natalensis capturés dans le village de Gbalôhô, près de Korhogo, soit une prévalence de 22,2 %. Tous les animaux infectés avaient été capturés à l’intérieur des habitations, ce qui met en évidence un risque potentiel de transmission du virus à l’être humain. Les analyses phylogénétiques ont révélé que les souches détectées en Côte d’Ivoire étaient étroitement apparentées à celles identifiées au Mali ainsi qu’à la souche AV isolée chez un patient allemand ayant voyagé en Afrique de l’Ouest. Les analyses évolutives suggèrent que ces virus partagent un ancêtre commun ayant circulé il y a environ 90 ans. Cette étude constitue la première preuve de la circulation du virus Lassa chez son réservoir naturel en Côte d’Ivoire. Elle démontre que le nord du pays, en particulier la région de Korhogo, représente une zone potentielle d’endémie et souligne l’importance de renforcer la surveillance des rongeurs, le diagnostic des cas humains et les actions de sensibilisation afin d’améliorer la détection et la prévention de la fièvre de Lassa

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Dr Kouadio Léonce
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Santé Animale Faune sauvage et réservoirs

Non-invasive genomics of respiratory pathogens infecting wild great apes using hybridisation capture

Human respiratory pathogens have repeatedly caused lethal outbreaks in wild great apes across Africa, leading to population declines. Nonetheless, our knowledge of potential genomic changes associated with pathogen introduction and spread at the human-great ape interface remains sparse. Here, we made use of target enrichment coupled with next generation sequencing to non-invasively investigate five outbreaks of human-introduced respiratory disease in wild chimpanzees living in Taï National Park, Ivory Coast. By retrieving 34 complete viral genomes and three distinct constellations of pneumococcal virulence factors, we provide genomic insights into these spillover events and describe a framework for non-invasive genomic surveillance in wildlife.

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Dr Kouadio Léonce
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Santé Environnementale Résistance aux antimicrobiens en environnement

Antibiotic Resistance of Enterobacteria Isolated from Medicinal Plant Powders Marketed in Abidjan, Côte d’Ivoire

Objective: Medicinal plant powders are widely used in Côte d’Ivoire for treating various ailments and are often marketed without rigorous health controls. This lack of regulation increases the risk of contamination by pathogenic bacteria, particularly antibiotic-resistant enterobacteria, which poses a significant challenge for infection control. Methods: This study aimed to evaluate the antibiotic susceptibility of enterobacteria isolated from 100 samples of medicinal powders sold in different markets in Abidjan. Bacterial identification was performed using biochemical and proteomic methods (MALDI-TOF). Antibiotic susceptibility testing was conducted using the agar diffusion method, following the EUCAST/CASFM 2024_V1.0 guidelines Results: A total of 48 enterobacterial strains were isolated, including Enterobacter hormaechei (21), Escherichia coli (18), Citrobacter freundii (2), Enterobacter asburiae (2), Klebsiella pneumoniae (2), Enterobacter cloacae (1), Enterobacter bugandensis (1), and Cronobacter sakazakii (1). Antibiotic susceptibility testing revealed that 54.16% of the strains were resistant to at least one antibiotic, with the highest resistance rates observed for pefloxacin (25%) and ertapenem (12.5%). Resistance to ertapenem, a carbapenem frequently used as a last-resort treatment, is particularly concerning. Conclusions: The presence of enterobacteria in these samples suggests fecal contamination, reflecting poor hygienic conditions. These findings highlight the potential risk posed by medicinal plant powders as vectors of antibiotic-resistant bacterial strains. Implementing strict quality control measures and enhanced surveillance of antibiotic resistance is crucial to reducing their impact on public health.

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Dr KONAN Kouadio Fernique
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Santé Animale

Detection of multidrug-resistant Salmonella Enterica strains in chickens (Gallus gallus domesticus) from markets in Abidjan

Salmonella is a genus of Gram-negative bacilli, causing illnesses in humans, such as typhoid fever, which remain major public health concerns. Based on biochemistry and genomic data, Salmonella is divided into many serovars. In West Africa, Salmonella infection in humans and in food matrices is reported each year. Recently, the emergence of antibiotic-resistant strains of Salmonella represents a high risk for public health. In Côte d’Ivoire, poultry activities and poor hygiene conditions contribute to the emergence of Salmonella infection. The main objective of this study is to detect Salmonella species strains in chicken from local markets in the city of Abidjan. Four sampling sites in the Abidjan district were selected in the local markets of Yopougon (Siporex and Bagnon), Songon, Adjamé, and Abobo. Several chicken intestines (Gallus gallus domesticus) were collected in batches of in each market. The pre-treatment of solation was performed with classic methods for Salmonella-Shigella (SS). Biochemical characterization and antibiotic susceptibility testing were conducted for all isolated strains. The target of the invasive gene (invA) of Salmonella was used for molecular confirmation and DNA sequencing. Among the 22 Salmonella spp. isolates studied, 68% (15/22) of the poultry strains underwent biochemical testing (oxidase, catalase, Gram stain, and motility), with five strains testing positive. Antibiotic susceptibility testing revealed strong resistance to ampicillin and pefloxacin, and weak resistance to gentamicin and clavulanic acid. Furthermore, 59% (13/22) of the isolates were positive by Polymerase chain reaction (PCR) targeting the invA gene. Phylogenetic analysis showed a high similarity to the reference strain Salmonella Enterica serovar Paratyphi. These findings demonstrate the circulation of multidrug-resistant Salmonella strains in poultry in Côte d’Ivoire and highlight the need for continuous surveillance to enhance food safety.

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Dr KONAN Kouadio Fernique
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Santé Humaine Résistance aux antimicrobiens

Prevalence of Beta-lactam Resistance Genes (Bla Genes) in Multidrug-Resistant Strains of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae Isolated from Infections at a University Hospital in Abidjan, Ivory Coast

Aim: The overall objective of this study was to characterise the bla genes responsible for beta-lactam resistance in two major strains of Enterobacteriaceae (Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae) involved in bacterial infections and producing extended-spectrum beta-lactamases. Study Design: The resistance of Enterobacteriaceae to various classes of antibiotics in general, and to the beta-lactam class in particular, is showing a worrying trend in Côte d’Ivoire and around the world. This resistance is due to the production of extended-spectrum beta-lactamases (ESBLs) encoded by bla genes. Place and Duration of Study: This study was conducted from August 2022 to February 2024 in Abidjan (Ivory Coast) at the Pasteur Institute of Ivory Coast (IPCI), at the Cocody site, specifically within the Unit for Antibiotics, Natural Substances, and Surveillance of Microorganisms and Anti-Infective Agents (ASSURMI). Methodology: These strains were isolated from biological samples collected from various hospital departments. A total of 40 Enterobacteriaceae strains were identified using MALDI-TOF mass spectrometry (MS), and antibiotic susceptibility testing (antibiogram) was performed using the Mueller-Hinton agar diffusion method. Genes conferring resistance to Beta-lactams were detected using conventional PCR. Results: The strains studied were Escherichia coli (25) and Klebsiella pneumoniae (15). Seventy-five per cent of the strains were multidrug-resistant (Escherichia coli: 19/25; Klebsiella pneumoniae: 11/15). High resistance rates ranging from 52.63% to 100% to amoxicillin-clavulanic acid, aztreonam, and third-generation cephalosporins (cefepime, ceftriaxone, cefotaxime, cefixime) were observed. The Beta-lactam resistance genes detected were blaTEM, blaCTX-M-1, blaCTX-M-8, blaSHV, and blaCTX-M- with prevalence rates of 60%, 50%, 35%, 32.5%, and 7.5%, respectively. The co-expression rate of the resistance genes was 22,5 %, 17,5 %, 15 %, 12,5 %, 7,5 % et 2,5 %, respectively, for the associations blaTEM /blaCTX-M-8, blaTEM /blaCTX-M 1, blaSHV /blaCTX-M-1, blaSHV /blaCTX-M-8, blaTEM / blaSHV, blaTEM / blaSHV / blaCTX-M-1. Conclusion: This study revealed the presence and persistence of bla genes that have been under surveillance for many years, with an increase in the prevalence of certain genes.

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Dr KONAN Kouadio Fernique
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Santé Humaine

Antibiorésistance des souches d’Escherichia coli responsables d’infections urinaires collectées dans le réseau de surveillance de janvier à décembre 2024 au Centre National de Référence pour les Antibiotiques, Institut Pasteur de Côte d’Ivoire

Cette étude se propose de décrire les différents phénotypes de résistance des souches d’Escherichia coli afin de surveiller leur émergence. C’est une étude rétrospective de type descriptif de 472 souches d’Escherichia coli responsables d’infection urinaire sur une période allant de douze mois (Janvier-décembre 2024) au Centre National de Référence des antibiotiques de l’Institut Pasteur de Côte d’Ivoire. Au cours de cette étude, 1034 entérobactéries ont été isolées avec 472 souches non répétitives d’Escherichia coli, soit une proportion de 45,7%. Les hommes constituaient 51,8% et les femmes 48,2%, soit un sexe ratio de 1,07. Ces infections concernaient les patients hospitalisés (55%) ainsi que les communautaires (45%). Les adultes et les aînés étaient les plus touchés. L’antibiorésistance des souches d’Escherichia coli a révélé des taux de résistance à l’amoxicilline-acide clavulanique des souches hospitalières (69,6% contre 20,5% en communauté), à la pipéracilline (65,9% contre 58,5%), à la cefepime (64,5% contre 53,1%), à la ciprofloxacine (50,8% contre 45,8%), à la fosfomycine (20,9% contre 12,8%). L’amikacine, la nitrofurantoïne et l’imipenème ont enregistré des taux de résistance inferieurs à 10% dans les deux milieux. Un taux de 37,7% des souches d’Escherichia coli analysées produisaient des béta-lactamases à spectre élargi (BLSE). Les souches d'Escherichia coli productrices de BLSE présentaient des taux de résistance significatifs aux fluoroquinolones, atteignant 67,1% pour la ciprofloxacine et 48,3% pour la lévofloxacine. À l'inverse, elles conservaient une excellente sensibilité aux antibiotiques suivants : amikacine (92,7%), nitrofurantoïne (92,9%) et fosfomycine (82,3%). L'émergence de souches d'Escherichia coli uropathogènes résistantes aux antibiotiques restreint fortement l'arsenal thérapeutique disponible et souligne un enjeu crucial de santé publique. La surveillance régulière permet d'actualiser la stratégie thérapeutique, un élément fondamental pour contrer l'émergence et la dissémination de ces bactéries multirésistantes.

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Dr KONAN Kouadio Fernique
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Santé Humaine Résistance aux antimicrobiens

Antibiotic Resistance and Detection of Qnr Genes in isolated Uropathogenic Bacteria from Patients with Urinary Catheters

Antibiotic resistance in bacteria is a serious global public health problem. This study aimed to characterize antibiotic resistance genes in patients with urinary catheters. The study involved bacterial strain collection, antibiotic susceptibility testing, and molecular characterization for the detection of genes mediated by fluoroquinolone resistance. A total of 81 strains were collected. Strain distribution showed that Staphylococcus aureus was the most prevalent species (44.44%, n=36). Resistance profiling showed that coagulase-negative Staphylococcus strains (n=12) and Acinetobacter baumannii strains (n=5) expressed 100% resistance to cefoxitin and all tested beta-lactam antibiotics, respectively. Acinetobacter baumannii was resistant to ciprofloxacin (100%, n=5). However, amikacin showed greater activity against Pseudomonas aeruginosa (n=28) and Acinetobacter baumannii (n=5) strains, with 25% and 0% activity, respectively. Molecular gene characterization identified the qnr A, qnr B, and qnr S genes. The strains exhibited a high diversity of resistance genes, with 12.5%, 77.5%, and 60% observed in qnr A, qnr B, and qnr S, respectively. Co-expression of fluoroquinolone resistance genes was demonstrated in 30 strains. This study highlights the high prevalence of antibiotic-resistant bacteria and underscores the crucial role of microbiological and molecular surveillance of bacteria. The results highlight the need for rigorous antibiotic management to prevent the spread of resistant strains.

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Dr KONAN Kouadio Fernique
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